玻利瓦尔主教大学毕业证书的颜色是深紫色。

深紫色代表着尊贵、优雅和高贵。这种颜色在西方文化中通常被用作皇室或贵族的象征。因此，使用深紫色作为毕业证书的颜色，也代表着毕业生们的卓越成就和出类拔萃的表现。

另外，玻利瓦尔主教大学是委内瑞拉最著名的大学之一，以其严谨、高水平的教育而闻名。因此，这种颜色也体现了该校对高品质教育和培养优秀人才的承诺。

毕业证书不仅仅是一张纸，在职场上也是一个人成功与否的重要标志之一。因此，玻利瓦尔主教大学选择深紫色作为毕业证书颜色，不仅仅是为了美观，更重要的是强调该校所培养出来的精英人才在各个领域中都能够有所建树。